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商标注册证电子版是有效的。

随着数字化的发展，越来越多的注册信息被储存在电子文档中，包括商标注册证，商标局或相关机构在审核通过后，会向申请人提供商标注册证的电子版，其格式包括PDF格式或加盖电子印章的PDF文档格式，这些电子版与纸质版具有相同的法律效力，企业在办理相关手续时，可以提交商标注册证的电子版作为证明文件，电子版商标注册证也方便申请人进行保存和传输，避免了纸质版证书的丢失和损坏问题，在合法合规的前提下，商标注册证的电子版是有效的。

仅供参考，如需更全面准确的信息，可咨询专业的商标代理机构或律师。